Žaidime pasakojami tolesni Gordono Freemano bei Alyx nuotykiai po "Half-Life 2" pabaigos, kuomet buvo padaryta didelė žala Citadelei. Jos branduolys plečiasi ir netrukus sprogs milžiniška jėga, tad laiko pabėgimui iš City 17 nebėra. Lieka vienintelė išeitis – vėl brautis į šį milžinišką pastatą ir bent trumpam stabilizuoti jo branduolį tam, kad liktų užtektinai laiko jūsų pačių bei miesto gyventojų evakuacijai.

Žaidimo "Source" verikliukas atnaujintas "HDR" technologijos palaikymu bei patobulinta veikėjų veidų animacija.